Das Wappen der Ortschaft Mackenrode ist blau mit einem goldenen Schildfuß und zeigt ein silbernes langgestrecktes Gebäude mit zwei Fachwerkgiebeln und schwarzem Dach, in der Mitte ein silberner Turm mit geschwungener Haube, der Schildfuß ist belegt mit zwei an den Stielen gekreuzten grünen Eichenblättern, darüber schwebend zwei grüne Eicheln.
Mackenrode wählte zum zentralen Wappensymbol die Kirche des Ortes. Obwohl Kirchen im Allgemeinen nur in stark stilisierter Form in Kommunalwappen aufgenommen werden sollten, ist im Falle von Mackenrode eine Ausnahme angebracht. In ihrer sechseckigen Bauweise stellt die Kirche eine auch über den Ort hinaus bekannte Besonderheit dar. Zudem wird es von der Bevölkerung als das Wahrzeichen des Ortes gemeinhin angesehen. Deshalb sollte dem Wunsch der Gemeinde, die Kirche zwar in stilisierter, aber noch identifizierbarer Form in das Wappen aufzunehmen, Rechnung getragen werden.
Durch die Eichenblätter und den Eichenzweig wird die Zugehörigkeit Mackenrodes zum Eichsfeld dargestellt.